Вот столкнулся с таким траблом.
Необходимо в составе сборки (только одной !) заменить одну деталь на другую, неважно совсем другую или исполнение первой.
Как это правильно делается ?
Если делаю аннулировать/удалить то естественно удаляются все записи об этой детали из других сборок (наскока я понимаю то по всей базе КМ).
Используй команду "Вырезать"